Geçmişinde tanık koruma programında mafya avukatı olan Duke Diver, kendini yeni işine adamıştır. Tam bir eğlence ve huzur mekanı olan Villa Capri’nin müdürlüğünü yapan Duke, hayatını bir parti gibi yaşar. Bir yandan eğlenirken bir yandan da çalışan Duke, Villa Capri’nin müşterilerinin, özellikle de kadınların gözdesi durumundadır. Fakat Leo’nun gelişi tüm dengeleri altüst eder. Leo’nun herkesin ilgi odağı haline gelmesi Duke’u fazlasıyla rahatsız eder ve ikisi arasında çetin bir rekabet başlar. Fakat bir mafyanın tehdit oluşturması Duke ve Leo’nun arasındaki rekabeti bir kenara bırakıp birlikte çalışmalarına neden olur.
Ajan K ve işe aldığı amatör Ajan J, dünyaya diğer gezegenlerden gelen misafirlerin hayatlarını gözleyen iki kişidir. Hafıza silme cihazları, lazerli tabancalar gibi üstün teknolojileri bulunan ekibin ön planda olan iki üyesi, dünyayı dışından gelen terörist saldırılara karşı korumayı görev edinirler.
Serinin ikinci filminde Ajan K, son görevinden sonra Man in Black'i bırakıp sivil hayatına geri dönmüştür. Hareketli günleri geride bırakan ajan, hala mesleğinin en yetkin ajanlarından biridir. Ajan J ise görevine halen devam etmekte ve son zamanlarda sıradan bir dosya üzerinde çalışmaktadır. İncelemesine devam ettikçe ortaya çıkan bulgular, bu sıradan görünen davanın altında yatan gerçeklerin bir hayli tehlikeli olduğunu gösterir. Ajan J'nin, bu davayı çözebilmek için Ajan K'ya ihtiyacı vardır.
Ajan J, 1969'ya, M.I.B.'nin ilk günlerine, bir uzaylının Ajan K'ye suikast yapmasını engellemek ve tarihi değiştirmekten alıkoymak için seyahat eder. Bu olay aynı zamanda dünyanın sonunu getirebilecek bir seri olayın fişeğini de ateşlemiştir. Ancak genç K, durumun ciddiyetini anlamakta güçlük çekmektedir. Ajan J hem K'yı ikna etmek, hem de arkadaşını kurtarmak zorundadır.
