Hükümet, insan biçiminde bir kirpi olan Sonic’i yakalamak için peşine düşer. Devlet görevlileri her yerde onu aramaktadır. Sonic ise bu sırada şeytani Dr. Eggman’ın ele geçirdiği yüzükleri geri almaya çalışmaktadır. Küçük bir kasaba olan Green Hills’in şerifi Tom Wachowski, peşine düşen hükümet yetkililerinden kaçmayı başarıp, doktordan yüzükleri geri alabilmesi için Sonic’e yardım etmeye karar verir. Ancak bu sandığı kadar kolay olmayacaktır.
Dünyanın en sevdiği mavi kirpi, yeni seviye bir macera için geri dönüyor. Sonic, Green Hills'e yerleştikten sonra gerçek bir kahraman olmak için gereken niteliklere sahip olduğunu kanıtlamak için sabırsızlanıyor. Testi, Dr. Robotnik'in bu kez yeni ortağı Knuckles'la birlikte medeniyetleri yok etme gücüne sahip bir zümrüt arayışıyla geri dönmesiyle başlar. Sonic, kendi yardımcısı Tails ile iş birliği yapar ve zümrüdü yanlış ellere düşmeden önce bulmak için dünyayı dolaşan bir yolculuğa çıkarlar.
