Sevgilisi Mary Jane'den ayrılan Peter, ona gerçek kimliğini açıklayıp açıklamamak arasında kaldığı için oldukça zor bir dönem geçirmektedir. Kararsızlık içinde olduğu bu esnada Mary Jane'in, patronunun oğlu John'la birlikte olmaya başlaması iyice canını sıkar. Bunlara, halasının mali sıkıntıları ve hayattaki tek dostu Harry Osborne'un, babasının ölümünden kendisini sorumlu tuttuğu için Peter'dan uzaklaşması eklenince tüm bunlar, onu depresyonun eşiğine getirmiştir. Bu sırada, yeni düşmanı Doktor Ahtapot'un ortaya çıkmasıyla Peter Parker'ın hayatı içinden çıkılmaz bir hal alacaktır.

Efsanevi Marvel Comics dizisine dayanan filmde, Peter Parker nihayet Mary Jane'e duyduğu tutku ile süper kahramanlık görevleri arasındaki dengeyi kurar. Ancak, ufukta belirmeye başlayan bir fırtına vardır. Peter'ın Örümcek Adam kostümü birden bire değişip siyaha dönüşerek güçlerini pekiştirmeye başlayınca, Peter da değişmeye başlar. Kostümün etkisi altındaki Peter, kibirli ve kendine aşırı güvenli biri olur; en değer verdiği kişileri ihmal etmeye başlar. Bugüne dek en korkulan iki kötü kahraman Kumadam ve Venom, benzersiz güçler edinip intikam ateşiyle yanarken Peter, en büyük savaşını kendi içinde yapmaktadır. Örümcek Adam'ın onu o yapan, onu bir kahraman yapan özelliğini, yani şefkati yeniden keşfetmesi gerekecektir.