Mayalar, Güney Amerika’nın sıcağından bunaldıkları için Anadolu’ya göçüp Bağcılar’a yerleşir. Burada kurdukları medeniyetin gelişmişliği Bizans’ı kıskandırmaktadır. Bu durumu değiştirmek isteyen Kraliçe Klitorya ve kralın kardeşi Muhteris, Mayalar’ın sonunu getirmek ister. İşe öncelikle büyük bir Maya hayranı olan Bizans Kralı Klitor’u öldürerek başlarlar. Ardından kralın cenazesine katılan Maya erkeklerinin yokluğundan faydalanarak Maya kadınlarını kaçırırlar. Amaçları Mayalar’ın genetik yapısını değiştirmektir.
Çanakkale, gemi yoluyla geçilememiş ve işgalciler, çaresiz bir manevrayla Gelibolu kıyılarına çıkartma yapmaya başlamışlardır. Muhsin’le Hasan’ında içinde bulunduğu destek birliği beş günlük yolculuğun sonunda, 25 Mayıs 1915’te cepheye ulaşırlar. Hasan, siperlere indiği anda, savaşın hayal ettiğinden daha acımasız olduğu gerçeğiyle yüzleşir. Muhsin, Yüzbaşı İbrahim Adil tarafından keskin nişancılık görevine getirilir. Muhsin’inse tek bir isteği, kardeşi Hasan’ı geri hizmete çektirmek.
Gürkan ile Altan, Cevat Bakır'ın eline feci düşmüştür. Zira ilk filmde kendisini kazıklayan Şahin'i öldüren Cevat Bakır, Altan ile Gürkan'ı tek bir şartla affedecektir: Şahin'in cesedini bir an önce ortadan kaldırmaları gerekmektedir. Fakat bu işi fark edilmeden ve tereyağından kıl çeker gibi yapmak zorundadırlar. İki kafadar bu zorlu görevi elbette ki ellerine yüzlerine bulaştıracak, yine beladan belaya sürüklenecek ve peşlerine ülkenin en psikopat ve tehlikeli adamlarını takmayı başaracaklardır.
‘Teşkilat’, istihbarat teşkilatının, tıpkı gerçek hayatta olduğu gibi olağanüstü yetenekli ve korkusuz üyelerinden oluşan çok özel bir ekibinin hikayesini anlatıyor.
