Sorunlu çocuklar, bunalmış anne ve işkolik bir baba… Ailenin bu durumunu iyiye götürecek tek şey ise beraber tatile çıkmak olacak. Ailenin babası Bob’un işlerini halledebileceği hem de tüm ailenin doğayla baş başa tatil yapabileceği bu yolculuk, kiraladıkları karavan ile unutulmaz kılınacak.
Ajan K ve işe aldığı amatör Ajan J, dünyaya diğer gezegenlerden gelen misafirlerin hayatlarını gözleyen iki kişidir. Hafıza silme cihazları, lazerli tabancalar gibi üstün teknolojileri bulunan ekibin ön planda olan iki üyesi, dünyayı dışından gelen terörist saldırılara karşı korumayı görev edinirler.
Serinin ikinci filminde Ajan K, son görevinden sonra Man in Black'i bırakıp sivil hayatına geri dönmüştür. Hareketli günleri geride bırakan ajan, hala mesleğinin en yetkin ajanlarından biridir. Ajan J ise görevine halen devam etmekte ve son zamanlarda sıradan bir dosya üzerinde çalışmaktadır. İncelemesine devam ettikçe ortaya çıkan bulgular, bu sıradan görünen davanın altında yatan gerçeklerin bir hayli tehlikeli olduğunu gösterir. Ajan J'nin, bu davayı çözebilmek için Ajan K'ya ihtiyacı vardır.
Ajan J, 1969'ya, M.I.B.'nin ilk günlerine, bir uzaylının Ajan K'ye suikast yapmasını engellemek ve tarihi değiştirmekten alıkoymak için seyahat eder. Bu olay aynı zamanda dünyanın sonunu getirebilecek bir seri olayın fişeğini de ateşlemiştir. Ancak genç K, durumun ciddiyetini anlamakta güçlük çekmektedir. Ajan J hem K'yı ikna etmek, hem de arkadaşını kurtarmak zorundadır.
